在樱花烂漫的季节里，无忧无虑的草帽海贼团尽情享受快乐时光。途中乔巴救上了一个魁梧健硕的家伙，最引人注目的是他的右腕装配了用海楼石做成的机械手腕，凡是触碰过手腕的人均能力尽失。原来此人便是曾经培养出无数优秀弟子的原海军大将Z（大冢芳忠配音）。苏醒后的Z得知路飞（田中真弓配音）等人的身份后反目成仇，与随后赶来的下属艾伊（筱原凉子配音）和宾兹（香川照之配音）对草帽海贼团予以残酷无情的重创。原来Z因某件往事而对海贼极度憎恨，此时他正酝酿一项恐怖计划，势要带领“NEO海军”将新世界的海贼一举歼灭。他的行动引起海军本部的忌惮，而惨败的路飞等人也将向这个前所未有的敌人展开新的挑战……