渔业飞行员月冈和小林在无人岛上的石洞目击哥斯拉和一只背面长出长刺的怪兽正在打斗。返回大阪后，二人立刻报告, 对策本部立即被成立，并查那一只长刺的怪兽叫「安基拉斯」，又是和哥斯拉一样受氢弹试验而苏醒， 山根博士在没有兵器对抗哥斯拉的情况下， 建议用灯光诱导怪兽回海的方法……